Roku 1391 byla založena Betlémská kaple, největší kazatelský sál Evropy, který byl určena ke kázání v českém jazyce, a ve které později, v letech 1402-1412, nepřetržitě kázal mistr Jan Hus (* asi 1372 v Husinci u Prachatic v jižních Čechách, Hus byla jeho studentská přezdívka). Vliv Betlémské kaple si dnes lze těžko vůbec představit. Vešly se do ní až tři tisíce lidí a Jan Hus někdy kázal až sedmkrát denně. Jelikož Praha tehdy měla asi 40 000 obyvatel, mohl tak v jediném dni promluvit v podstatě ke všemu pražskému dospělému obyvatelstvu. (Proti tomu blednou i dnešní nafouknuté údaje o sledovanosti pořadů nejoblíbenějších televizních stanic.)

Hus však rozhodě nebyl nějakým vesnickým kazatelem, za jakého bývá někdy vydáván. Jan Hus totiž v době arcibiskupování negramotného Zbyňka Zajíce z Házmburka (od jeho nástupu do funkce v roce 1403 až do roku 1408, kdy se dostali do konfliktu) Zbyňkovi vydatně pomáhal, dá se říci, že v podstatě arcibiskupoval za něj. Zbyněk Zajíc z Házmburka byl totiž sice dobrým válečníkem - arcibiskupem se zřejmě stal odměnou za své vojenské služby králi, ale pro arcibiskupování neměl opravdu ani ty nejmenší předpoklady. Jan Hus tedy byl těžkou „šedou eminencí“, a jako zpovědník královny, ženy slabého Václava, měl vliv nejen v „církvi“, ale i na královském dvoře. Právě Hus tehdy svým vlivem na arcibiskupa zabránil tomu, aby byla v Českých zemích zakládána „zázračná“ poutní místa.

Od roku 1408 ale již arcibiskup Zbyněk Zajíc z Házmburka a římská kurie řádili, nutili všechny všechno odvolávat, Husa proklínali a pálili všechny knihy, které se jim dostaly do ruky. Roku 1409 na koncilu v Pise, v naději na změnu v „církvi“ k lepšímu, proto Václav podpořil dalšího papeže, Alexandra V. Ten se však hned obrátil proti němu. Hned roku 1409 vydal papež Alexandr, na žádost pražského arcibiskupa, zákaz kázání v Betlémské kapli. Hus jej ignoroval. (Možná právě ze skutečnosti, že Alexandr byl původem z Kréty, pochází v češtině slovo kretén.) Přidal se i papež Jan XXIII., který Husa také proklel a předvolal k „soudu“ do Bologně. Hus jej opět ignoroval. Tehdy se ještě proti arcibiskupovi Václav IV. postavil.

Spory krále s „církví“ se projevily i konfliktem s Němci, kteří byli převážně zmanipulováni „církví“ - a tedy na straně papeže. To vedlo ke králově větší podpoře českého živlu a roku 1409 k vydání známého Dekretu kutnohorského, kterým byly na pražské universitě zaváděny poměry běžné na jiných evropských universitách. Rektorem university byl na to zvolen Jan Hus. Nešlo o žádné „diskriminační protiněmecké opatření“ a dekret se netýkal žádného „vyhánění“ německých studentů a profesorů. Ti odcházeli hlavně proto, že papež jim studium a působení na „kacířské“ universitě zakázal. Také úpadek university nebyl způsoben jejich odchodem, ale dobou křižáckých válek. Navzdory pokračujícím válkám pak universita v roce 1429 dokonce svou činnost obnovila.
Problém s Němci však přetrvával. Byli to převážně katolíci v neskatolické zemi, byli tedy jakousi „pátou kolonou“ Říma.

Poté, co roku 1412 Jan Hus vystoupil proti odpustkové deprivantizační metodě, Němci začali páchat teroristické útoky. Mimo jiné neúspěšně zaútočili na Betlémskou kapli - papež ji totiž také rozkázal zbořit. Husovo vystoupení však vyvolalo nelibost i vypitého Václava, který měl z prodeje odpustků provizi. Hus raději koncem roku odešel do jižních Čech, na Kozí Hrádek, známé „hnízdo“ valdenských, později, po krátkém pobytu v Sezimově Ústí, nakonec na hrad Krakovec.

V roce 1414 se Jan Hus odebral na „církevní“ koncil do Kostnice 1414-1418. Jeho představy, že se bude moci hájit, se ukázaly jako naivní - nebyl vůbec puštěn ke slovu. V roce 1415 pak byl za to, že kritizoval odpustkovou deprivantizační metodu, v Kostnici zavražděn upálením. V roce 1416 pak v Kostnici zavraždili upálením ještě Jeronýma Pražského (* asi 1365), který tam jel v marném pokusu Husa zachránit, a začali mluvit o nutnosti protičeské křižácké války.

V reakci na Husovo zavraždění husitská šlechta vytvořila obranný svaz. Do Kostnice byl poslán písemný protest, který podepsalo 452 šlechticů. Nezahálela však ani kolaborantská prořímská šlechta a založila teroristickou organizaci. Husitství se rychle stalo mezi českým obyvatelstvem všeobecným, jeho stoupenci však byli i chudší Němci. Kostnický koncil prohlásil všechny, kdo podepsali protest proti Husovu zavraždění, za válečné zločince. (Samozřejmě v obrazném slova smyslu. Ve smyslu, v jakém je používán dnes, použil tohoto výrazu poprvé Hitler o Rudolfovi Steinerovi, zakladateli antroposofie.)

Již za Husovy nepřítomnosti, ale s jeho písemným svolením, obnovili asi na konci října roku 1414 mistr Jakoubek ze Stříbra (+ 1429) spolu s Mikulášem z Drážďan v kostele sv. Martina ve zdi podle starokřesťanského a pravoslavného obyčeje přijímání podobojí způsobou. Jakoubek dokázal, že přijímání z kalicha bylo v dřívějších dobách obecné. (K oficiálnímu obnovení přijímání podobojí tedy došlo po necelých dvou stech letech - zakázáno bylo v roce 1215, na IV. lateránském koncilu.) Roku 1417 se vyslovila pro přijímání podobojí oficiálně pražská universita. Kostnický koncil hned nařídil zrušení university. Ta jej však ignorovala.