I když bylo období, zabírající zhruba 13. století, dobou silného vlivu Říma, nebyl to jediný vliv, třebaže obvyklá líčení oné doby v tom smyslu vyznívají.

Nesmíme zapomínat, že s pravoslavným a pohanským východem tehdy existovaly velmi silné kontakty, a to jak obchodní, politické, tak i jiné - například mnoho lidí se do těchto zemí dostalo při Přemyslových křižáckých taženích.

A také nesmíme zapomínat na tři královny:

  • Uherskou Konstancii, ženu Přemysla Otakara I.
  • Byzantskou Kunhutu (vnučku byzantského císaře), ženu Václava I.
  • Uherskou Kunhutu, druhou ženu Přemysla Otakara II., matku Václava II., vnučku pravoslavného světce - svatého Michala, kyjevského knížete.


Ty všechny měly na tyto panovníky především osobní vliv, pak musíme počítat také s vlivem jejich dvorů - kde bylo jistě mnoho osob, které přišly z jejich původního prostředí. V současné době nám však bývá vysvětlována dokonce i skutečnost, že si Václav II. zval pravoslavné kněze, jako jeho pouhá zvědavost.

Do 13. století bylo náboženství záležitostí pouze politicky činných osob. Ve 13. století proniká s německým obyvatelstvem i do nově zakládaných měst. A jelikož všechna města v té době byla malá, můžeme „křesťanství“ rovnou nazvat maloměšťáctvím.

Teprve ve 13. století jsou poprvé zakládány fary římské „církve“ - pro tyto nově přišlé německé kolonisty, tedy ve větší míře od poloviny 13. století. (Výjimkou jsou starší německé osady, jako například Na poříčí, kde byl kostel sv. Petra postaven jako farní kostel již někdy kolem roku 1150.) „Církevní“ dohled nad obyvatelstvem sem tedy proniká s německými kolonisty, a původně se také týká jenom jich samotných. A teprve s touto „latinizací“, spojenou s německou kolonizací, začíná být v Českých zemích zaváděn také celibát.

Zakládání far postupně přerostlo v masové a do konce 13. století byla vybudována rozsáhlá síť far - vznikla tak rozvětvená „církevní“ organizace, která by mohla teoreticky působit i na české obyvatelstvo. Jen v pražské diecézi vzrostl počet far asi na dva tisíce.

Již ke konci 13. století měla „církev“ v držení zhruba jednu třetinu všech statků. „Církev“ se proto již nesnažila v takové míře získávat další půdu. Půda je jednak moc na očích, a pak tu mohly být obavy, že kdyby šlechta přišla o většinu majetku, mohly by být na „církev“ přeneseny i povinnosti šlechty. A tak vznikají „církevní“ poklady - „církev“ hromadí značná množství drahého kovu. Paradoxně však „církev“, z obav, aby o „svůj“ majetek nepřišla, v této době přestává bojovat o moc s panovníkem, a také se nesnaží dostat se do konfliktu - a možná ani do kontaktu - s českým obyvatelstvem.

Ze 13. století, z doby nebezpečí mongolských nájezdů, také pochází název kostel. Původně se asi užíval slovanský název cerekev. Tehdy dochází k opevňování kostelů, a ze slova kastel, znamenajícího původně opevněný objekt, vzniká název kostel.

Za Jana Lucemburského (1310-1346), se České země staly, pro toleranci, která zde panovala, útočištěm „kacířů“ z ostatních zemí Evropy.

Po roce 1311, kdy byli na koncilu ve francouzském Vienne zakázáni begardi, přišlo jich do Čech větší množství z Rakouska. Jenom v pražské diecézi bylo organizované tovaryšstvo begardů s arcibiskupem a sedmi biskupy, z nichž každý spravoval tři sta bratří a sester. Roku 1315 byli proto v Praze jmenováni inkvizitoři, kteří roku 1318 čtrnáct begardů upálili (také v Praze). Pražský biskup Jan IV. z Dražic (1301-1343), známý svou učeností, „prokacířskostí“ a proslovanskostí, však tehdy inkvizitory sesadil z úřadu za to, že jednali proti jeho vůli (což bylo zcela v jeho kompetenci, neboť tyto inkvizitory předtím biskup sám jmenoval), a další uvězněné begardy propustil. Za to tehdy musel jít na jedenáct let „na kobereček“ do Avignonu, a inkvizitoři od té doby byli jmenováni přímo papežem. Begardi se na to v Čechách ještě víc rozšířili. Své noční sexuální obřady prováděli v jeskyních a podzemních chodbách, proto se jim říkalo jamníci. (Možná právě z té doby pocházejí známé podzemní chodby vytesané v pískovci v Praze pod Prosekem, jejichž původ a smysl je velkou záhadou.)

Dále víme, že za Jana Lucemburského posílali valdenští z Čech peněžité sbírky svým souvěrcům do Lombardie a sami tam chodili za vzděláním.

V letech 1338-1340 se u nás mluví o valdenských v souvislosti s nepokoji mezi německými sedláky na Jindřichohradecku. Boj proti nim - hovoří se opět o křižáckém tažení - byl řízen papežskou kurií. Přesněji posledním papežským inkvizitorem u nás (tedy inkvizitorem dosazeným přímo papežem), Havlem z (Jindřichova) Hradce, činným v letech 1335-1348. V tažení mu pomáhal Oldřich z Hradce. Valdenští však v Čechách existovali až do husitských dob.

Na Moravě se od čtyřicátých let 14. století vyskytovali begardi, kteří tam odešli z Čech z obav před tímto novým inkvizitorem, Havlem z Hradce.

Kataři (tedy albigenští) se v Čechách objevili, podle inkvizičních akt, v osmdesátých letech 14. století.